Pasó el tiempo y si bien el crecimiento poblacional comenzó a generar alerta para la necesidad de un nuevo enterratorio, la llegada del cólera permitió la concreción de la obra aunque con una fuerte disputa territorial a lo largo de varios meses. Para principios de febrero de 1867 comienza a notificarse la necesidad de medidas higiénicas y alimentarias para combatir esta enfermedad que se empezaba a cobrar miles de víctimas desde Brasil y por la que muy pocos se atrevían a enfrentar a la muerte velando a los suyos.
Las tratativas por la construcción del Cementerio del Sud fueron constantes. En abril, las recomendaciones sanitarias ya alcanzaban a los muertos por el avance de la epidemia de acuerdo a una orden de Luis María Drago y Leopoldo Montes de Oca, presidente y secretario del Consejo de Higiene Pública. En mayo se discutió la ubicación y se aprobó la compra de los terrenos. El por entonces ministro de Gobierno de la provincia, Nicolás Avellaneda, le expresó su apoyo al presidente de la Municipalidad de la Ciudad, Juan B. Peña, pero éste recibió el rechazo por parte del presidente de la Municipalidad de San José de Flores, Gervasio Castro, por la proximidad del cementerio.
La obra se seguía postergando hasta que el 30 de octubre de 1867, por medio de una ley de la provincia de Buenos Aires, se determinan nuevos límites quitándole terrenos en litigio a Flores. Finalmente, el 17 de diciembre de 1867 se inaugura el Cementerio del Sud, ubicado entre las calles Caseros, Monasterio, Uspallata y Santa Cruz, recepcionando una gran cantidad de cuerpos por la epidemia de cólera y llenándose por completo con la fiebre amarilla en 1871. A partir de esa fecha, abierto al público únicamente, los vecinos empezaron a reclamar la exhumación de los cuerpos y los funcionarios comenzaron a analizar el destino del predio. En 1873, se ordenó el monumento que todavía sigue en pie en el medio del parque en memoria del cementerio y de los caídos por la fiebre amarilla.
Reconversión
Para 1892 se resolvió su utilización como paseo público bajo el nombre de Parque Bernardino Rivadavia pero recién al año siguiente comenzó la transformación del espacio retirando cruces y ornamentos y trasladando los cuerpos a otro cementerio. También, para completar la creación del parque debían retirarse las paredes y puertas que delimitaban el ahora ex cementerio Del Sud.
Recién en 1928, por ordenanza municipal, se rebautiza el lugar como parque Florentino Ameghino, transfiriendo el nombre de Rivadavia a un nuevo espacio verde creado en Caballito.