Todo esto se desprendió luego de que apareciera la denuncia formal del fiscal Alberto Nisman. Capitanich, sobre eso, dijo que esos espías "no son tales". Sobre la investigación del caso AMIA agregó: "Siempre se ha pretendido el esclarecimiento" del atentado a la mutual judía. "Creemos que es absolutamente necesario y prudente analizar la evolución de la investigación de carácter judicial y, en ese contexto, identificar todas las cuestiones que hacen efectivamente al caso. La investigación judicial debe continuar con todo el respaldo del auxiliar de Justicia", señaló.
Consultado sobre la presencia del secretario de Seguridad, Sergio Berni, en el departamento de Nisman, Capitanich sostuvo que el funcionario "actuó cumpliéndose el protocolo con la convocatoria y dar inmediata participación a la Justicia para generar las condiciones necesarias que permitan tener todos los elementos probatorios".