Giunta debutó como entrenador en San Miguel, durante la temporada 1999/2000, luego pasó a Estudiantes de Buenos Aires (2003/04), Morón (2004/2005), fue ayudante de campo de Alberto Márcico durante su breve paso por Nueva Chicago y finalmente recaló en Almirante Brown, donde permaneció desde 2005 hasta junio pasado.
En la "Fragata" dirigió 296 partidos con 125 victorias, 95 empates y 76 derrotas, donde logró dos ascensos (ambos de Primera B Metropolitana a la B Nacional) y un descenso, provocado por el descuento de 18 puntos que la AFA le aplicó por los incidentes de su barrabrava.