Al iniciarse la conquista española, el actual territorio de Jujuy estaba poblado por diversos pueblos indígenas. Predominaban los omaguacas, entre cuyas parcialidades se destacaban los ocloyas, purmamarcas, yavis, yalas, churumatas y los jujuyes, de quienes deriva el nombre de la provincia, aunque los atacameños -en especial la parcialidad lipe- eran predominantes en la región puneña. Los omaguacas eran una síntesis étnica de diaguitas y atacameños con un fuerte componente genético arawak. La tenaz resistencia de estas poblaciones dificultó primero el avance de los quechuas y luego el avance español. En 1536 Diego de Almagro recorrió la Puna jujeña. El 20 de agosto de 1561 Juan Pérez de Zurita fundó una ciudad con el nombre de Nieva en el actual territorio jujeño entre los ríos Grande y Xibi-Xibi, pero a mediados de 1563 fue destruida por los indígenas.