Zárate ingresó al penal de Bahía Blanca el 3 de julio de 2020, cuando quedó firme la condena dictada en 2017 por el Tribunal Oral en lo Criminal N°1. El caso se remonta a la madrugada del 16 de marzo de 2014, cuando, según determinó la Justicia, el futbolista abusó de Giuliana Peralta mientras ella dormía junto a su pareja de entonces, el también jugador Martín Benítez, en un departamento de la localidad de Wilde.
Alexis Zárate: la causa por abuso
Durante el proceso judicial, el lateral derecho permaneció en libertad. Tras dejar Independiente, club en el que se había formado, fue transferido a Temperley y luego emigró al exterior, donde jugó en el FK Liepaja de Letonia. Regresó al país ante la inminente efectivización de la condena y, finalmente, comenzó a cumplir la pena en 2020.
En julio de 2025, la Cámara de Casación le otorgó la libertad condicional, beneficio al que accedió tras cumplir más de dos tercios de la condena. La medida incluyó estrictas pautas de conducta: una restricción perimetral de 500 metros respecto de la víctima, la obligación de realizar un taller de masculinidades y el cumplimiento de normas de seguimiento judicial hasta que la pena se extinga definitivamente en 2027.
El anuncio de su llegada a Argentino de Quilmes había sido presentado como una apuesta deportiva para un club que viene de una temporada complicada en la Primera B Metropolitana, en la que finalizó a cinco puntos de la zona de descenso. Sin embargo, el impacto social y simbólico de la contratación terminó pesando más que lo futbolístico.