El conejo como mascota, si recibe todos los cuidados para preservar su salud, se lo alimenta bien y se asegura su bienestar, es un animal que responde con una actitud saludable y atenta. Devora su ración de comida, tiene un pelo brillante, y no suele tener complicaciones de salud. Sin embargo, está sujeto a una serie de enfermedades que pueden llegar a poner en peligro su vida.

No es difícil detectar algún malestar en el conejo, ya que cuando algo no funciona bien, altera su comportamiento, deja de comer, emite sonidos distintos, entrecierra los ojos y la viveza de su pelo se apaga. Será conveniente consultar con un veterinario, ya que podría estar sufriendo alguna enfermedad.

Entre las afecciones más frecuentes se encuentra el "moquillo". Aunque sus síntomas iniciales son bastante similares a los de un resfrío, porque se presenta con estornudos y mucosidad, esta es una de las enfermedades más molestas a las que puede verse sometida la mascota. Además suele derivar rápidamente en una aguda insuficiencia respiratoria y en cantidades de pus internas. Sin embargo, si se detecta a tiempo, resulta fácilmente tratable.

Otra dolencia bastante habitual es la neumonía. Tiene síntomas y tratamiento similar con los del moquillo, pero por su naturaleza, la curación es más complicada. Para evitar problemas, conviene vacunar al conejo cada seis o doce meses, porque de lo contrario, una infección de estas características puede llevar a complicaciones como alteraciones en los excrementos, cianosis, fiebre que provoquen hemorragias internas, convulsiones y, finalmente, la muerte.

También la mascota se puede ver afectada por "mixomatosis". Se trata de un virus transmitido mediante picaduras de insecto, contagioso y generalmente fatal, y sin cura efectiva. Por eso, la manera de combatirlo es la vacunación preventiva. Los síntomas se hacen evidentes a los pocos días de haber sido contagiado, y consisten en inflamaciones primero en el rostro, con manifestaciones de conjuntivitis aguda, y los genitales, y después a niveles subcutáneos, provocando visibles deformaciones en el cuerpo del animal.

Los conejos puede padecer también "coccidiosis". Es una enfermedad habitual entre los animales domésticos, contagiada por el consumo de alimentos con excrementos de coccidio, y resultante en alteraciones fecales tales como diarrea, sangre en heces, pérdida de apetito y deshidratación aguda. Se trata con antibióticos, pero hay que prestarle atención porque es una de las causas habituales de muerte en ellos.

Una afección que no solo es de los conejos, pero con la que se pueden ver afectados es la "sarna". Este tipo de afección es común en conejos como en cualquier otra mascota. Se trata de la aparición de costras en el cuerpo, que le provocan una gran picazón, e infecciones resultantes de rascarse constantemente. Se debe a la presencia de ácaros que depositan sus huevos sobre los animales. Puede ser de dos tipos, la sarna en los oídos, o sarna en la piel. En ambos casos, los síntomas pasan por irritación, secreciones espesas y costras amarillentas, que pueden llegar a la boca haciendo que el conejo deje de comer; a los ojos y a los orificios nasales,con dificultades respiratorias. Es engorrosa y peligrosa, pero se puede tratar fácilmente por vía tópica, o con inyecciones subcutáneas. Si el animal tuerce la cabeza y pierde el sentido de la orientación, significa que su infección de oído está muy avanzada.

Otra enfermedad a la que están expuestos todos los animales, es la "Gusanera". Se produce cuando las larvas de moscas que previamente han dejado sus huevos en una herida de la mascota, comienzan a alimentarse de alguna herida que esta haya podido sufrir, causándole incluso la muerte después de una serie de ataques de shock. También la "Giardiasis", se produce especialmente en los conejos jóvenes. Demuestran anormalidades en las heces, deshidratación, temperatura corporal demasiado baja o un estado anímico inusual, puede deberse a esta infección intestinal que tiene que ser atendida de forma agresiva y con soporte nutricional para el animal.

Existen otras enfermedades que pueden afectarlos, aunque en menor grado. Entre ellas, la "enterotoxemia", cuyas causas no se determinaron claramente, pero se la vincula a las malas condiciones ambientales y alimenticias. Provoca la muerte del animal mediante la actuación de una bacteria que libera una toxina intestinal.