Sin embargo, su presencia en las cálidas aguas mexicanas es un misterio. Las dudas comenzaron a surgir en el siglo XVIII, aunque todos los mapas de la época continuaban situándola allí. Para quienes alimentan las teorías conspirativas, la desaparición de Bermeja beneficiaría a Estados Unidos, ya que cambiaría la distribución limítrofe de las aguas en el Golfo de México. Es por eso que algunos mexicanos creen que detrás de la misteriosa desaparición de la isla están los servicios de inteligencia norteamericanos.
México envió en 1997 una embarcación oceanográfica para determinar su existencia y dar por terminadas las disputas. Sin embargo, el capitán del barco no pudo reportar la presencia del Bermeja donde toda la cartografía histórica la situaba. La Universidad Nacional Autónoma de México mandó en 2007 navíos para estudiar el área. El resultado fue el mismo: no había rastros de una isla en el lugar. Otras dos expediciones recientes en este año y financiadas por empresas y organismo mexicanos arrojaron igual resultado.
Mientras tanto, se ha barajado todo tipo de hipótesis con respecto a la suerte que habría corrido la isla: 1º) que se hundió a causa de un maremoto, 2º) que desapareció por el calentamiento global, y 3º) que fue dinamitada por la CIA para que los EE.UU. tuvieran ventajas en lo referente a la propiedad de yacimientos de petróleo en el lugar. Todas las teorías conspirativas pueden ser válidas a la hora de buscar una explicación.