En la revancha, Messi ingresó a los 17 minutos del segundo tiempo y su aporte le dio el empate 1-1 a Barcelona, con gol de Pedro, para avanzar a las semifinales donde el conjunto español fue vapuleado por Bayern Munich de Alemania, con una serie global a favor de 7-0 y en la que el rosarino, disminuído físicamente, no rindió lo esperado.
La próxima lesión del cuádruple ganador del Balón de Oro (2009, 2010, 2011 y 2012) se produjo el 13 de mayo, cuando por la 35° fecha de la liga española, en la victoria 2-1, de visitante, ante Atlético de Madrid, se resintió de la ruptura fibrilar en el bíceps femoral de la pierna derecha.
Ese cotejo significó su último partido en la temporada 2012/2013, en la que fue campeón con Barcelona del certamen español y finalizó como goleador con 46 tantos.
El estado físico de Messi preocupó al DT del seleccionado argentino,
Alejandro Sabella, quien prefirió no arriesgarlo ante Colombia, en Buenos Aires, y Ecuador, en Quito, donde fue suplente, entre el 7 y 11 de junio, y recuperó la titularidad en un amistoso ante Guatemala, el 14 de junio.
Durante sus vacaciones, Messi retornó a la actividad para cumplir con partidos amistosos con fines benéficos, organizado por su fundación.
La suma de kilómetros en un avión para recalar en Medellín, Milán, Lima, Chicago y Senegal le dieron poco margen a su descanso, que se produjo poco antes del inicio de la pretemporada, durante siete días, en Ibiza, junto a su esposa Antonella y su hijo Thiago.
Su periplo benéfico no ayudó a sus piernas y el 10 de agosto padeció una sobrecarga muscular que no le permitió continuar con la gira de Barcelona en Malasia, ya con Gerardo Martino como DT, y lo privó de jugar un amistoso con la Argentina ante Italia, en Roma, en el partido homenaje al Papa Francisco.
En el debut oficial de Barcelona en la temporada 2013/2014, el equipo de Martino aguantó los embates de Atlético de Madrid de Diego Simeone, en la ida de la final de la Supercopa española, pero Messi no pudo con su físico: un hematoma en el bíceps femoral de la pierna izquierda lo sacó de la cancha.
El capitán del seleccionado argentino logró una pronta recuperación, y el 10 de septiembre obtuvo la clasificación al Mundial Brasil 2014, con la victoria 5-2, de visitante, ante Paraguay. Pero 18 días después, por 7° fecha de liga española, otra lesión en bíceps femoral derecho lo dejó tres semanas inactivo.
El último partido del crack rosarino se produjo el 10 de noviembre, por la 13° jornada del campeonato español, y se redujo a sólo 22 minutos en cancha por otra dolencia en el bíceps femoral izquierdo. En ese instante, Messi dejó de lado
su persistente malhumor por quedar fuera del equipo y encaró la recuperación. A pesar de las lesiones, Messi, quien recibió su tercera Bota de Oro por la cuota goleadora durante la temporada 2012/2013, fue nominado una vez más para el Balón de Oro FIFA, en la terna que comparte con el francés Frank Ribery y el luso Cristiano Ronaldo.
El galardón se entregará el 13 de enero del próximo año, en Zúrich, y su quinta conquista consecutiva no está firme como las anteriores debido a los méritos acumulados por sus competidores.
Los 45 goles de Lionel Messi en 2013