Si bien repitió logros colectivos con el Barcelona de España y también en plano individual, las lesiones lo condicionaron al punto de dejar en suspenso la conquista de su quinto Balón de Oro FIFA en enero próximo. El crack además
sufrió la investigación que rodeó a su padre con vínculos narco y un inédito enfrentamiento con un dirigente del Barcelona, Javier Faus,
a quien criticó con dureza. Messi, a sus 26 años, experimentó la sensación de jugar pocos minutos en diferentes cotejos y observó cómo sus compañeros del equipo culé y el seleccionado argentino se las ingeniaron para obtener resultados sin su aura astral.
En el total del año convirtió 45 goles, la mitad de la sideral cifra del 2012.
La historia de sus lesiones comenzó el 2 de abril, cuando Barcelona igualó 2-2, con un gol suyo, de visitante, ante París Saint Germain, por la ida de los cuartos de final de la Champions League. Ese día, el número 10 argentino sufrió
un desgarro en el bíceps femoral de la pierna derecha. En la revancha, Messi ingresó a los 17 minutos del segundo tiempo y su aporte le dio el empate 1-1 a Barcelona, con gol de Pedro, para avanzar a las semifinales donde el conjunto español fue vapuleado por Bayern Munich de Alemania, con una serie global a favor de 7-0 y en la que el rosarino, disminuído físicamente, no rindió lo esperado.
La próxima lesión del cuádruple ganador del Balón de Oro (2009, 2010, 2011 y 2012) se produjo el 13 de mayo, cuando por la 35° fecha de la liga española, en la victoria 2-1, de visitante, ante Atlético de Madrid, se resintió de la ruptura fibrilar en el bíceps femoral de la pierna derecha.
Ese cotejo significó su último partido en la temporada 2012/2013, en la que fue campeón con Barcelona del certamen español y finalizó como goleador con 46 tantos.
El estado físico de Messi preocupó al DT del seleccionado argentino,
Alejandro Sabella, quien prefirió no arriesgarlo ante Colombia, en Buenos Aires, y Ecuador, en Quito, donde fue suplente, entre el 7 y 11 de junio, y recuperó la titularidad en un amistoso ante Guatemala, el 14 de junio.
Durante sus vacaciones, Messi retornó a la actividad para cumplir con partidos amistosos con fines benéficos, organizado por su fundación.
La suma de kilómetros en un avión para recalar en Medellín, Milán, Lima, Chicago y Senegal le dieron poco margen a su descanso, que se produjo poco antes del inicio de la pretemporada, durante siete días, en Ibiza, junto a su esposa Antonella y su hijo Thiago.
Su periplo benéfico no ayudó a sus piernas y el 10 de agosto padeció una sobrecarga muscular que no le permitió continuar con la gira de Barcelona en Malasia, ya con Gerardo Martino como DT, y lo privó de jugar un amistoso con la Argentina ante Italia, en Roma, en el partido homenaje al Papa Francisco.
En el debut oficial de Barcelona en la temporada 2013/2014, el equipo de Martino aguantó los embates de Atlético de Madrid de Diego Simeone, en la ida de la final de la Supercopa española, pero Messi no pudo con su físico: un hematoma en el bíceps femoral de la pierna izquierda lo sacó de la cancha.
El capitán del seleccionado argentino logró una pronta recuperación, y el 10 de septiembre obtuvo la clasificación al Mundial Brasil 2014, con la victoria 5-2, de visitante, ante Paraguay. Pero 18 días después, por 7° fecha de liga española, otra lesión en bíceps femoral derecho lo dejó tres semanas inactivo.
El último partido del crack rosarino se produjo el 10 de noviembre, por la 13° jornada del campeonato español, y se redujo a sólo 22 minutos en cancha por otra dolencia en el bíceps femoral izquierdo. En ese instante, Messi dejó de lado
su persistente malhumor por quedar fuera del equipo y encaró la recuperación. A pesar de las lesiones, Messi, quien recibió su tercera Bota de Oro por la cuota goleadora durante la temporada 2012/2013, fue nominado una vez más para el Balón de Oro FIFA, en la terna que comparte con el francés Frank Ribery y el luso Cristiano Ronaldo.
El galardón se entregará el 13 de enero del próximo año, en Zúrich, y su quinta conquista consecutiva no está firme como las anteriores debido a los méritos acumulados por sus competidores.
Los 45 goles de Lionel Messi en 2013