También se investigan las irregularidades detectadas en el manejo de subsidios y el tardío hallazgo del cuerpo del joven Lucas Menghini en que hay 16 imputados.
Las irregularidades con el manejo de los subsidios ferroviarios que recibió TBA y el tardío hallazgo sin vida de Lucas Menghini Rey, la víctima 51 de la tragedia, son dos causas que seguirán bajo investigación mientras el expediente central por el accidente ferroviario de Once ya está en etapa de juicio oral y público.
La investigación por el tardío hallazgo del cuerpo sin vida del chico Menghini Rey está en manos del juez Ariel Lijo, luego de que fuese apartado Claudio Bonadío, y se intenta determinar si el joven pudo haber sido encontrado con vida apenas ocurrió el accidente y no más de 48 horas después, como finalmente sucedió, en la cabina del conductor del cuarto coche.
En esta causa hay unos 16 imputados, entre ellos varios comisarios, así como los empresarios Sergio Cirigliano (presidente de la firma Cometrans) y Carlo Michele Ferrari (presidente de TBA). La investigación tiene una serie de medidas de prueba pedidas por el fiscal Federico Delgado para determinar quién dio por finalizado el operativo de búsqueda de víctimas, luego de que Bonadío rehusase un ofrecimiento de la Policía Federal para utilizar una sonda para facilitar la tarea, por el temor a que se alterara el escenario de los hechos.
La otra investigación que sigue en instrucción está a cargo del juez Sebastián Ramos, a quien la Cámara Federal designó para investigar el destino de los más de dos mil millones de pesos en subsidios que recibió TBA, a raíz que ese magistrado tenía desde antes una pesquisa por fondos estatales que recibieron las concesionarias ferroviarias.
Esa escisión motivó varios planteos sin éxito de nulidad de las defensas, quienes consideraron que, a la par que Bonadío mandaba juicio a los acusados por administración fraudulenta por el mal manejo de subsidios, se ordenaba que otro juez los investigue por ello.