Probablemente el origen de la pizza comience con el empleo del pan por parte de la humanidad. Se tiene constancia de que en la antigua Grecia, cuna de los panes planos, donde se servía el plankuntos, decorado con hierbas, especias, ajo y cebolla, en la época de Darío el Grande (521-486 a.C.), los soldados persas tomaban pan plano con queso fundido y dátiles por su parte superior. Virgilio en la Eneida menciona un plato similar.
Muchos historiadores afirman que la pizza, tal y como se conoce en la actualidad, procede de la ciudad de Nápoles, Italia, y aparece como plato popular entre los napolitanos, en algún momento no definido del siglo XVII.
Los panes planos y las preparaciones fundamentadas en ellos, como la pizza, son típicos de las cocinas mediterráneas. De esta manera, se tiene la antigua "focaccia" -alimento muy popular entre los soldados romanos-, que se remonta a los antiguos etruscos, la coca que posee variantes dulces y saladas, de la cocina española, el pan pita griego y relacionado con la turca "Pide", la africana injera. Panes similares existen fuera del área del Mediterráneo, entre ellas se encuentra el indio Indian "paratha" y el alemán "flammkuchen".
Desde su invención, la pizza ha sufrido muchas modificaciones regionales, por ejemplo en Roma es muy popular la pizza al taglio, en Liguria la sardenara, en Sicilia la sfincione, etc. Y fuera de Italia, en México, la pizza mexicana, la árabe manakish, en Estados Unidos la Chicago-style pizza, la francesa pissaladiere, etc.
El pan y el queso son alimentos ciertamente antiguos en la historia de la alimentación. El pan acompaña a la humanidad desde el 8000 a.C. y el queso se remonta a tiempos remotos. Mientras que el tomate aparece en Europa ya en el siglo XVI, proveniente de Sudamérica, no es aceptado por la población como un alimento hasta finales del siglo XVII.
A pesar de ello es muy posible que existiesen variantes sin salsa de tomate en la gastronomía de Italia, un ejemplo es la focaccia.
Autores romanos describen en la literatura alimentos similares, un caso es Catón el Viejo, que hace una descripción de la comida del romano medio en forma de pan plano aliñado con diversos condimentos.
De la misma manera Marcus Apicius, que escribió el único libro de cocina romana que ha sobrevivido De Re Coquinaria, menciona la elaboración de numerosos panes planos aliñados con aceite de oliva, perejil, orégano y otras. Es posible que se sirvieran abiertas y que posteriormente se desplegaran sobre sí mismas para dar lugar al calzone.
Siglos antes, el tomate fue uno de los ingredientes incorporados tardíamente a la pizza. Esta fruta había sido traída a Europa tras el descubrimiento de América procedente de las regiones del actual Perú.
Ya en el siglo XVI aunque presente en las plantaciones europeas no se comías por la creencia de que era venenoso, así como otras frutas de la familia de las Solanaceae. No obstante fue empleado como alimento en Italia en el año 1544, por primera vez y se denomina pomi dôro (manzana de oro).
Sin embargo es a finales del siglo XVIII en las áreas pobres de los arrabales de Nápoles cuando se añadió el tomate a un pan plano elaborado con levadura y de esta manera nació la pizza.