En Quilmes -donde votó más del 75 por ciento del padrón, en el que estaban habilitados 440.883 electores-, los comicios se prolongaron después de la hora del cierre en numerosas escuelas, a raíz de las extensas colas que se formaron con los votantes que fueron a sufragar a último momento.
Esto provocó que el escrutinio se demore en varias mesas del distrito, del mismo modo que ocurrió en Berazategui y Florencio Varela, donde estaban empadronadas, respectivamente, 210.394 y 280.472 personas.
Dentro de la normalidad de la jornada no faltaron algunos inconvenientes, como la ausencia de autoridades de mesa en algunos recintos, tal y como sucedió en el Club Atlético y Social Bernal Oeste, de Montevideo al 900, donde sólo se dispusieron dos mesas para recibir a los electores que llegaban a emitir su sufragio. Un hecho similar ocurrió en el Colegio Alemán de Quilmes, donde las mesas comenzaron a funcionar con retraso y hasta la media mañana se observaban largas colas en las aulas.
En la Escuela Nº 82 de Bernal, donde sufragó el intendente Francisco Gutiérrez pasadas las 10.30, se registraron algunas irregularidades con jóvenes de entre 16 y 18 años que se acercaron a cumplir con su derecho cívico y se encontraban con que no aparecían en los padrones. En este sentido, el secretario de Medio Ambiente de Quilmes, Claudio Olivares, comentó que "se resolvió cómo debe ser, porque no se puede agregar a nadie a los padrones".
Por su parte, el candidato a primer concejal por la lista Unión Popular, colectora de Sergio Massa, José Casazza denunció desde su local partidario y con mucho malestar que en varias escuelas se registraron inconvenientes con las boleta de su partido, porque estaban siendo tapadas adrede por otras agrupaciones.