Gracias a su peculiar geografía y al difícil acceso, la zona cuenta con una rica y variada población animal. El viajero no encontrará hoteles, sólo cómodas cabañas bien atendidas y donde no falta nada, pero tiene pocas posibilidades de llevarse algo más que pequeños souvenirs y muchas fotos de uno de los lugares más espectaculares del mundo.
La fauna autóctona incluye numerosas especies amenazadas para las cuales éste es uno de los últimos hábitats remanentes, entre las que se encuentran el ciervo de los pantanos (Blastoceros dichotomous), el venado de las Pampas (Ozotocerus bezoarticus), el carpincho (Hydrochoerus hydrochaeris), el lobo de crin o aguará guazú (Chrysocyon brachiurus), el yacaré overo (Caimán latirostris) y negro (Caimán yacaré), la boa curiyú (Eunectes notaeus) y el lobito de río (Lontra longicaudis), los monos aulladores (o carayás), así como una enorme variedad de aves.
La ictiofauna también es muy variada y abundante, sobresaliendo los dorados, armados, surubíes, pacús, mojarras, tarariras y palometas. Los yaguaretés parecen haber sido extinguidos en esta zona durante la primera mitad del siglo XX, al igual que el tapir, el lobo gargantilla, el pecarí de collar y el oso hormiguero; este último reintroducido recientemente. La exuberante flora local incluye numerosas especies acuáticas como el camalote y amapolas de agua -que dan lugar al fenómeno de los embalsados, auténticas islas flotantes que complican la geografía de las lagunas- además de extensos pirizales.
La formación del sistema de los esteros del Iberá no se conoce con exactitud. El lecho del Paraná está excavado sobre un sustrato de basalto poroso que presenta fracturas importantes en varios puntos; la mayor de estas fallas secciona diagonalmente la totalidad de la provincia de Corrientes, e interseca el lecho del Paraná unos 90 kilómetros río abajo de la ciudad de Posadas con una pared basáltica de considerable espesor.
Se especula con que la presencia de esta pared desviaba antiguamente el curso del río, llevándolo en dirección sudeste por los bajíos que hoy componen el sistema del Iberá y dando origen a la morfología actual de la zona. El cauce del río habría tomado su forma presente una vez la erosión hizo practicable el flujo a través del banco rocoso de los saltos de Yacyretá-Apipé. También la erosión eólica habría ayudado a deprimir las lomadas y cuchillas que surcan los esteros.
La escasa pendiente y la densidad botánica en los cuerpos de agua hacen que el drenaje del sistema sea marcadamente lento; el agua fluye poco a poco hacia el sudoeste, hasta desaguar a través del río Corriente y el Miriñay hacia las cuencas del Paraná y el Uruguay, respectivamente.
El área exacta que ocupan los bañados varía con la altura de los ríos de la región.