A partir de la llegada de Juan Román Riquelme, en 2003, el Villareal vivió sus momentos más gloriosos. El 10 se encontraba en su mejor forma y el equipo jugaba a su ritmo. Sin embargo, tres años después, su relación con el DT Manuel Pellegrini se rompió y decidió continuar su carrera en "el patio de su casa", la Bombonera.
¿Qué cortó la relación entre el entrenador y el crack? Aunque no entró en detalles, el Ingeniero charló con The Independent y dejó entrever cierta falta de profesionalismo en el Torero.
"Con su calidad, puede jugar (en un fútbol de) hace 30, 20, 10 años o de ahora. Donde él quiera. (…) No era uno de los mejores jugadores, no era un jugador top porque tiene otros problemas", desarrolló.
Y agregó: "Hace varios años, en ese momento, tenía una falta de madurez. Quería ser el número uno y hacía estupideces".
Durante el tiempo que compartieron juntos, Riquelme y Pellegrini conquistaron la Copa Intertoto en el 2004 y lucharon los torneos como nunca antes en la historia del club castellonense.
A pesar de no llegar a la instancia final, el momento más brillante de esta etapa fue la semifinal ante el Arsenal por la Champions League en 2005-2006. En aquél partido trascendental, Román falló un penal con el que algunos intentan manchar su excelente performance en el Submarino Amarillo.
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